SOE ditubuhkan pada tahun 1940, dengan penyatuan Jabatan Pejabat Perang dan Kementerian Perperangan Ekonomi. Tujuannya adalah bagi mencetus, mengatur dan membekal pasukan penentang tempatan di wilayah diduduki musuh. Pada awalnya, musuh adalah Jerman Nazi dan Itali, tetapi menjelang akhir tahun 1940, ia menjadi jelas bahawa konflik dengan Jepun juga tidak dapat dielak.

Dua misi dihantar bagi menubuhkan (dan mengambil alih kawalan politik) bagi SOE di Timur Jauh. Yang pertama dipimpin oleh bekas ahli perniagaan, Valentine Killery dari Industri Kimia Imperial ("Imperial Chemical Industries") (ICI), yang menubuhkan ibu pejabatnya di Singapura. Organisasi penentang awal ditubuhkan di Malaya, tetapi SIngapura ditawan pada 15 Februari 1942, tidak lama selepas Jepun memasuki perang.

Misi kedua ditubuhkan di India oleh seorang lagi bekas ahli perniagaan, Colin Hercules Mackenzie dari "J. and P. Coats", pengilang pakaian.